Η ιστορία της πόλης ξεκινάει από τη νεολιθική εποχή, όταν οι πρώτοι άνθρωποι που πάτησαν σε αυτόν τον τόπο αποφάσισαν να εγκατασταθούν στο λόφο που σήμερα είναι γνωστός ως Καστέλι. Με το πέρασμα των χρόνων στο λόφο αυτό αναπτύχθηκε ο σπουδαιότερος μινωικός οικισμός της δυτικής Κρήτης, η αρχαία Κυδωνία. Την περίοδο αυτή κατασκευάστηκε το πρώτο μικρό λιμάνι, και η πόλη γνώρισε πρωτοφανή άνθηση χάρη στη βιοτεχνία και το εμπόριο της.
Το 1204 οι Ενετοί κατέκτησαν την Κρήτη και φυσικά και τα Χανιά. Στα 400 χρόνια της κατοχής τους, οι Ενετοί έχτισαν πολλά μεγαλοπρεπή δημόσια κτίρια και όμορφες κατοικίες. Επέκτειναν και οχύρωσαν το λιμάνι, ενώ κατασκευάστηκαν και 17 νεώρια για τη συντήρηση και την επισκευή των πλοίων. Η πόλη οχυρώθηκε με ένα ισχυρό τείχος σχεδιασμένο από τον Michele Sanmicheli, και το το φρούριο της πόλης εξοπλίστηκε με κανόνια και πυρομαχικά.
Το 1645 η Οθωμανική Αυτοκρατορία επιτέθηκε στην πόλη των Χανίων και έπειτα από μια σκληρή πολιορκία, η πόλη έπεσε. Οι Τούρκοι κατέστρεψαν μεγάλο μέρος της πολής και έχτισαν νέα κτίρια, σύμφωνα με το γούστο και την αρχιτεκτονική τους.
Παρόλο που η όμορφη αυτή πόλη έχει δεχθεί ανά τα χρόνια εκτεταμένες καταστροφές (μεγάλο μέρος της καταστράφηκε από τους βομβαρδισμούς του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου), έχουν διασωθεί πολλά κτίρια από τη βενετική και την τουρκική περίοδο. Τα περισσότερα από αυτά είναι καλά διατηρημένα και στεγάζουν μουσεία, ξενοδοχεία, εστιατόρια, δημόσιες υπηρεσίες κ.α., ενώ πολλά από αυτά εξακολουθούν να κατοικούνται κανονικά.
Η παλιά πόλη με τα όμορφα στενά σοκάκια και τα ψηλά αρχοντικά της, σε συνδυασμό με το βενετσιάνικο λιμάνι, δίνουν στα Χανιά μια μοναδική νοσταλγική ατμόσφαιρα που θα σας ταξιδέψει σε άλλες εποχές.